Sulle origini di questo edificio, situato nel rione San Rocco, esistono due teorie. La prima le fa risalire al I secolo avanti Cristo, quando dopo la distruzione della città di Fregellae da parte dei romani, i suoi abitanti si trasferirono sulle sponde del Liri, dando luogo al primo nucleo abitativo della città di Pontecorvo, nei pressi del Ponte Curvo già esistente. In questo luogo, infatti, i fregellani avrebbero edificato un tempio dedicato alla dea Flora sul quale, con l’affermazione del cristianesimo, sarebbe stata costruita la chiesa esistente. La seconda teoria, invece, indica come periodo di costruzione il IX secolo, lo stesso a cui si fa risalire la costruzione del castello di Rodoaldo.
La chiesa fu dedicata all’Immacolata Concezione e venne detta dal popolo “Canonica” per via della gestione officiata dai canonici della Cattedrale, i quali vi venivano anche sepolti. La chiesa era particolarmente ricca di opere d’arte. Erano numerosi gli affreschi risalenti alla fine del ‘500 sulla cui paternità si è dibattuto per molto tempo tra il Mazzaroppi e il Cavalier D’Arpino, il quale visse a Pontecorvo, in esilio da Roma, gli ultimi anni della sua vita. Oggi la teoria più accreditata è quella del Mazzaroppi da San Germano e l’anno di esecuzione delle opere è fissata al 1589. L’unico affresco sopravvissuto alla guerra è quello che era situato dietro l’altare maggiore, oggi conservato nel battistero della Basilica Cattedrale, che raffigura l’Immacolata con il Bambino in braccio, con ai lati i SS Pietro e Paolo, negli sguinci laterali San Giovanni Battista e la Maddalena, e nel sottarco il Padreterno benedicente. Lo stile barocco dell’opera è evidente sia per le pose dei Santi sia per la fitta decorazione dello sfondo.
All’interno dei ruderi sopravvissuti alla guerra sono ancora esistenti le decorazioni della sacrestia, volute dal Card. Aloisi Masella a fine ‘800 e le tombe dei canonici della cattedrale, le cui lapidi sono ancora in parte visibili tra i detriti. All’esterno, invece, vicino all’ingresso principale, sopravvive un piccolo affresco che ritrae una Madonna con Bambino, scoperto per caso nel 1985 dai ragazzi della II B della scuola media Bernadotte. Anche tale affresco, oggi usato come cappellina del quartiere dagli abitanti del Rione San Rocco, viene attribuito al Mazzaroppi.
Nella muratura venuta alla luce con i bombardamenti della seconda guerra mondiale sono visibili numerosi blocchi di pietra squadrata di grosse dimensioni provenienti da altri edifici preesistenti, molto probabilmente di epoca romana. Sono visibili inoltre, sul lato est, un blocco scolpito in bassorilievo con elementi floreali e un altro blocco scolpito con iscrizioni latine, molto probabilmente proveniente da un monumento funebre anch’esso di epoca romana. Infine ci sono diversi documenti che attestano l’utilizzo del luogo come lazzaretto della città nei periodi di pestilenza e molte sono le leggende popolari e fantastiche legate ad esso.
Il comitato Pro-Canonica già all’inizio degli anni duemila avanzò diverse proposte sul recupero del luogo. Prima fra tutte la creazione di un cantiere archeologico per studiare i reperti venuti alla luce con la guerra e quelli ancora nascosti, quindi il restauro conservativo e poi la sistemazione della sala della sacrestia a luogo di esposizione dei reperti trovati. Nell’estate del 2014, attraverso il metodo di lavoro “Agorà – Condividiamo le Nostre Idee”, alcune associazioni di Pontecorvo hanno lanciato l’idea del museo diffuso da installare nella zona immediatamente circostante il monumento, particolarmente adatta anche per una sistemazione a parco pubblico.